У Сектору за међурегионалну сарадњу и европске интеграције у складу са законом и Статутом и утврђеном спољном политиком Републике Србије, обављају се послови покрајинске управе у вези са: међурегионалном сарадњом и одржавањем и унапређивањем односа АП Војводине са другим регијама, међународним организацијама и институцијама које окупљају регионе; учествовањем у закључивању и примени међурегионалних споразума; израдом, прикупљањем, чувањем и објављивањем информација о међурегионалној сарадњи АП Војводине; координацијом и промовисањем сарадње органа покрајинске управе и органа локалне самоуправе у области остваривања међурегионалне, прекограничне и транснационалне сарадње, у односима са Европском комисијом и другим стручним телима Европске уније, као и сарадњом с регионима из држава чланица, кандидата и потенцијалних кандидата у процесу европских интеграција, а у сарадњи са Министарством за европске интеграције Владе Републике Србије и Министарством спољних послова; стварањем услова и развојем административних капацитета покрајинске управе за реализацију пројеката који се финансирају из средстава фондова Европске уније, донација и других облика развојне помоћи; координацијом активности свих покрајинских органа управе у процесу програмирања инструмената Европске уније, који обухватају АП Војводину; давањем смерница јединицама локалне самоуправе и покрајинским органима за укључивање у пројектне активности европских институција; обезбеђивањем средстава за суфинансирање и предфинансирање пројеката; наменским трошењем средстава за реализацију пројеката у области међурегионалне сарадње; праћењем остваривања учешћа у активностима на припреми и спровођењу макрорегиналних стратегија; учешћем у оснивању канцеларија или других облика путем којих ће се сарађивати са одговарајућим територијалним заједницама и јединицама локалне самоуправе других држава у оквиру спољне политике Републике Србије; обављају се студијско-аналитички послови у области европских интеграција и праћење усклађености прописа са европским законодавством и стандардима; координира се учешће представника АП Војводине у раду преговарачких група за приступање Републике Србије Европској унији, у сарадњи са Министарством за европске интеграције Владе Републике Србије; сарадња са канцеларијом Аутономне покрајине Војводине у Бриселу; такође, обављају се и други послови из домена европских интеграција као и дипломатске и конзуларне активности на територији АП Војводине; предузимају се активности на oстваривању уговорних обавеза у области дипломатских и конзуларних односа; и води се службена евиденција о издатим дипломатским и службеним пасошима и визама.

У сектору за међурегионалну сарадњу и европске интеграције ужа унутрашња јединица је:
Одсек за међурегионалну сарадњу и европске интеграције.